El CCT Nordeste posee nueve institutos de investigación distribuidos en la región del nordeste argentino, de los cuales seis son de doble dependencia con la Universidad Nacional del Nordeste (UNNE), tres con la Universidad Nacional de Misiones (UNaM) y una con la Universidad del Chaco Austral (UNCAus).

Corrientes:

Instituto de Botánica del Nordeste (IBONE)

Centro de Ecología Aplicada del Litoral (CECOAL)

Instituto de Modelado e Innovación Tecnológica (IMIT)

Instituto de Química Básica y Aplicada del Nordeste Argentino (IQUIBANEA)

Chaco

Instituto de Investigaciones Geohistóricas (IIGHI)

Instituto de Investigación para el Desarrollo Territorial y del Hábitat Humano (IIDTHH)

Instituto de Investigaciones en Procesos Tecnológicos Avanzados (INIPTA)

Misiones

Instituto de Biología Subtropical (IBS)

Instituto de Materiales de Misiones (IMAM)

Instituto de Estudios Sociales y Humanos (IESyH)