El Centro Científico Tecnológico (CCT) CONICET Nordeste posee diez institutos de investigación distribuidos en la región del nordeste argentino, de los cuales seis son de doble dependencia con la Universidad Nacional del Nordeste (UNNE), tres con la Universidad Nacional de Misiones (UNaM) y una con la Universidad del Chaco Austral (UNCAus). 

También cuenta con un Centro de Investigación y Transferencia (CIT) en convenio con la Universidad Nacional de Formosa (UNaF) y  grupos de investigación insertos en  unidades académicas u otras dependencias de organismos nacionales de la zona de influencia.